載體DNA的保護(hù)傘——Plasmid-Safe? ATP-Dependent DNase

酶是生物體非常重要的一類蛋白質(zhì)，之前小達(dá)君給大家安利了Lucigen的RNase R（RNase R——RNase家族的“外貌協(xié)會成員")、CircLigase? II ssDNA Ligase（“單鏈DNA環(huán)化連接酶——CircLigase? II ssDNA Ligase”）和Fast-Link? T4 DNA Ligase (五分鐘完成粘末端連接？Fast-Link? DNA Ligation Kit，您值得擁有！)，今天繼續(xù)給大家介紹一款特色的DNA外切酶，以去除Fosmid等文庫純化過程中細(xì)菌基因組DNA的污染，一起來了解下吧~

Plasmid-Safe?ATP-Dependent DNase在弱堿性pH值條件下，能消化線性雙鏈DNA為脫氧核苷酸。它對于環(huán)狀或線性單鏈DNA效率較低，并且對于缺口或閉環(huán)的雙鏈DNA或超螺旋DNA沒有活性。

在質(zhì)粒，粘粒和BAC克隆載體等載體DNA的制備過程中，使用堿裂解法會產(chǎn)生細(xì)菌染色體DNA片段的污染。如果使用某些方法沒有有效的去除污染DNA，那么污染的DNA會連接入克隆載體導(dǎo)致假陽性，高背景或錯誤的測序結(jié)果。實(shí)驗室常規(guī)方法，如純化柱或氯化銫離心不能有效的去除這些污染，因此還需要進(jìn)一步的純化。而Plasmid-Safe? ATP-Dependent DNase可以選擇性的去除質(zhì)粒，粘粒和BAC克隆載體制備中污染的細(xì)菌染色體DNA（圖1）。因此，Plasmid-Safe? ATP-Dependent DNase是純化質(zhì)粒，粘粒和BAC克隆載體的理想選擇。 

應(yīng)用：

• 在大規(guī)模質(zhì)粒，粘粒和BAC克隆載體制備中去除污染的細(xì)菌染色體DNA

• 消化線性DNA而不消化帶切口或閉環(huán)的dsDNA或超螺旋DNA（質(zhì)粒，fosmid等）

• 用作質(zhì)粒，粘粒，fosmid，BAC載體和克隆制備物的最終純化步驟

• 保護(hù)環(huán)狀dsDNA

測試結(jié)果：

△圖1. 從質(zhì)粒制備物中去除污染的基因組DNA效果圖

泳道1：3ug的Sma I消化的細(xì)菌染色體DNA；

泳道2：500ng的未被切割的質(zhì)粒DNA；

泳道3：Plasmid-Safe? DNase處理前，3ug的消化的染色體DNA和500ng未消化的質(zhì)粒DNA；

泳道4：Plasmid-Safe? DNase處理后的染色體DNA和質(zhì)粒DNA混合物；

泳道M：Kilobase ladder；

△圖2.消除產(chǎn)生白色菌落的線性DNA

3ug的EcoR I消化的細(xì)菌基因組DNA中加入2ug含有lacZ的超螺旋質(zhì)粒載體。取一半混合物用Plasmid-Safe? DNase處理；另一半不處理，作為對照。待Plasmid-Safe? DNase熱滅活后，將DNA用EcoR I處理，然后用T4DNA連接酶連接過夜，并轉(zhuǎn)化到感受態(tài)細(xì)胞中，鋪至含有IPTG/X-gal培養(yǎng)基上。用Plasmid-SafeDNase處理的DNA，只有1-3％菌落呈白色，而對照DNA白色菌落數(shù)大于50％。利用Plasmid-Safe? DNase能消除幾乎所有的線性DNA。

產(chǎn)品信息：

美國Lucigen公司成立于1998年，提供各類用于分子生物學(xué)相關(guān)產(chǎn)品，可以使研究者成功克隆較難克隆的基因，其在2016年收購了Illumina旗下Epicentre產(chǎn)品線。目前產(chǎn)品類別主要包括：體外轉(zhuǎn)錄、基因克?。˙AC克隆試劑盒）、感受態(tài)細(xì)胞（TG1噬菌體文庫構(gòu)建感受態(tài)）、體外擴(kuò)增、轉(zhuǎn)座子突變、蛋白表達(dá)、文庫構(gòu)建等。