微生物宏基因組文庫(kù)構(gòu)建必備——Fosmid library kit

雖然微生物的培養(yǎng)技術(shù)已經(jīng)發(fā)展了很多年，但是環(huán)境中可培養(yǎng)的微生物比例仍然較低，這就阻礙了對(duì)微生物多樣性的研究和有益微生物資源的挖掘利用。利用宏基因組學(xué)對(duì)微生物的群落結(jié)構(gòu)組成和微生物功能基因的挖掘，能極大地?cái)U(kuò)展微生物資源的利用空間。目前科學(xué)家們已利用土壤、海水、人唾液等環(huán)境樣品成功構(gòu)建了宏基因組文庫(kù)，從而篩選到具有生物活性物質(zhì)的各種酶類及一些次生代謝產(chǎn)物，包括脂酶/酯酶、蛋白酶、淀粉酶、氧化酶、幾丁質(zhì)酶、核酸酶、膜蛋白、4-羥基丁酸代謝酶系、生物素合成酶系、色素、抗菌抗腫瘤活性物質(zhì)及抗生素抗性基因等。

宏基因組學(xué)（metagenomics）是一種以環(huán)境樣品中的微生物群體所有基因組作為研究對(duì)象，利用基因組學(xué)的研究策略，研究環(huán)境樣品中所包含的全部微生物的遺傳組成及其群落功能的研究微生物多樣性的方法。在宏基因組研究中，穩(wěn)定的大片段基因組文庫(kù)是生物基因組學(xué)研究的基礎(chǔ)材料平臺(tái)。一般流程包括從環(huán)境樣品中提取基因組DNA，克隆DNA到合適的載體，導(dǎo)入宿主菌體，篩選目的轉(zhuǎn)化子，進(jìn)行高通量測(cè)序分析等工作。

在基因文庫(kù)構(gòu)建的過(guò)程中，盡量插入大片段DNA以獲得完整的代謝途徑多基因簇是很有必要的。目前多采用細(xì)菌人工染色體(BAC)、粘粒（Cosmid）載體、λ噬菌體克隆載體、Fosmid克隆載體。Fosmid載體由于其插入片段大小適中、易于構(gòu)建、穩(wěn)定性好、拷貝數(shù)可誘導(dǎo)等優(yōu)點(diǎn)，越來(lái)越廣泛地被應(yīng)用于物理作圖、基因挖掘、輔助測(cè)序等工作。

LGC(Lucigen)提供Fosmid文庫(kù)構(gòu)建試劑盒，該試劑盒中的Fosmid載體是行業(yè)金標(biāo)準(zhǔn)(原屬于Epicentre產(chǎn)品），可完成各種生物樣本編制完整和無(wú)偏向的Fosmid文庫(kù)，利用自動(dòng)誘導(dǎo)液保證單拷貝和誘導(dǎo)高拷貝數(shù)量的需要。

△Fig1. CopyControl? Fosmid Library Production Kits實(shí)驗(yàn)流程圖

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

• CopyControl? pCC1FOS和pCC2FOS載體已經(jīng)過(guò)線性化、去磷酸化處理，可直接進(jìn)行連接反應(yīng)，可插入40 kb的DNA片段；

• 不需要限制性內(nèi)切酶消化或脈沖凝膠電泳來(lái)準(zhǔn)備用于克隆的基因組DNA；

• 使用pCC2FOS載體可以最大化高通量末端測(cè)序結(jié)果；

• 可以誘導(dǎo)單拷貝到每個(gè)細(xì)胞50拷貝，安全地獲得較高的DNA產(chǎn)量，同時(shí)保持了穩(wěn)定克隆單拷貝數(shù)；

• 高效率的lambda包裝蛋白消除了假陽(yáng)性背景。

△Fig2. CopyControl? 載體圖譜

另外，LGC(Lucigen)還提供Fosmid提取試劑盒、Lambda包裝提取物、誘導(dǎo)液等配套產(chǎn)品。如果您對(duì)BAC文庫(kù)感興趣，也可以了解下LGC(Lucigen) 公司的CopyRight? v2.0 BACKit，該克隆試劑盒可插入200kb DNA片段，并且可誘導(dǎo)單拷貝至高拷貝，獲得高產(chǎn)量的DNA。

*產(chǎn)品詳情請(qǐng)復(fù)制以下鏈接到瀏覽器查看：https://www.lucigen.com/CopyRight-v2.0-BAC-Cloning-Kits-pSMART-BAC-and-pEZ-BAC/

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LGC（Lucigen）：Lucigen公司成立于1998年，提供各類用于分子生物學(xué)研究相關(guān)產(chǎn)品，可以使研究者成功克隆較難克隆的基因。2017年Lucigen收購(gòu)了Epicentre Technologies基因組試劑盒、酶和輔助試劑等產(chǎn)品線，2018年又被英國(guó)LGC公司收購(gòu)，公司合并后改名為 Biosearch technologies，專注于基因組學(xué)研究。目前產(chǎn)品線主要包括：體外轉(zhuǎn)錄、基因克隆（BAC克隆試劑盒）、感受態(tài)細(xì)胞（TG1噬菌體文庫(kù)構(gòu)建感受態(tài)）、體外擴(kuò)增、轉(zhuǎn)座子突變、蛋白表達(dá)、核酸提取等。